En este trabajo, y mediante análisis de genómica comparativa, se han diseñado protocolos de PCR en tiempo real (qPCR), para Xap, Xac y Xaj, basados en elementos de los genomas identificados como específicos dentro de los tres patovares. Se seleccionaron los genes virB6 y htpG, correspondientes a una proteína de virulencia y una chaperona de respuesta a estrés, respectivamente, en Xap; el efector de virulencia avrXacE1 y un receptor de quimiotaxis tipo MCP de Xac; y un gen codificante de una enzima celulolítica y un transportador tipo TonB en Xaj.